Jugoslovenska narodna armija (JNA) držala je tijekom rata u Hrvatskoj, prema podacima hrvatske Komisije za nestale i zatočene osobe, više od 400 hrvatskih civila i vojnika u zatvoreničkom logoru u Nišu, gdje je stradala najmanje jedna osoba.

Predsjednik Komisije za nestale osobe Srbije Veljko Odalović potvrdio je da je nakon ekshumacije na niškom groblju u srpnju 2010, kada je otkriveno deset tijela, "nesporno utvrđeno da je jedno telo najizravnije vezano za osobe iz Hrvatske koje su 1991. bile u sabirnim centrima na teritorijima Srbije i dio njih je bio privremeno smješten u Nišu."

Ekshumacija je izvedena na zahtjev hrvatske Komisije za nestale i zatočene osobe, a jedno tijelo je identificirano kao Petar Mesić, sa hrvatskog spiska nestalih osoba, dok je obdukcija u tijeku za ostalih devet tijela koja su pokopana bez osobnih dokumenata, te nije jasno potiču li i ona iz Hrvatske.  

-"Utvrdili smo da je Petar Mesić s te liste, doveden s teritorija Hrvatske i završio u Nišu, gde je smrtno stradao, pokopan je i sada smo njegovo tijelo predali hrvatskoj strani", kaže Odalović, koji dodaje da se i za preostalih devet tijela pretpostavlja da mogu biti dovedena u vezu sa sukobima na području bivše Jugoslavije.

Hrvatska udrga "Vukovar 1991" je 2008. Tužiteljstvu za ratne zločine Srbije predalo prijavu protiv nepoznatih osoba zbog počinjenog kaznenog djela ratnog zločina protiv ratnih zarobljenika u nekoliko logora, uključujući logor u Nišu, a zamjenik srpskog tužitelja za ratne zločine Bruno Vekarić potvrdio je da je pretkazneni postupak u tijeku.
-"Imamo neka nova saznanja koja se u najvećoj meri odnose na prikrivanje ovog zločina, a najviše podataka za sada smo prikupili za centre Stajićevo i Begejci", kaže Vekarić, koji objašnjava da tužiteljstvo još čeka da policija odradi svoj dio posla, a da će istraga biti pokrenuta kada tužiteljstvo bude imalo potencijalne osumnjičene za neko od kaznenih djela iz korpusa ratnih zločina.

Predsjednik hrvatske Komisije za nestale i zatočene osobe Ivan Grujić rekao je da je najmanje 447 hrvatskih državljana prošlo kroz sistem razmjene u Nišu, gde su bili zarobljeni u vojno-istražnom zatvoru i kazneno-popravnom domu, a gde su premješteni uglavnom pošto su logori u Begejcima i Stajićevu u Vojvodini zatvoreni 1991. godine.

Grujić objašnjava da su na prostoru bivše Jugoslavije 1991. i 1992. postojali logori i zatvori koji su činili jedinstveni sistem pod zapovedništvom JNA, a bilo ih je na području Srbije, BiH, Crne Gore i na okupiranom području Hrvatske.

-"U svim tim zatvorima u Srbiji su se događala psihička i fizička zlostavljanja, bez izuzetka", kaže Grujić i dodaje da su logori zatvoreni kada je međunarodna zajednica počela s jačim monitoringom i pritiskom.

Hrvatska Komisija navodi da je iz tih zatvora od prosinca 1991. do kolovoza 1992. razmijenjeno ukupno 7.666 osoba - 219 maloljetnika, 932 žene i 424 osobe starije od 60 godina, kao i da je bilo 46 posto civila, 52 posto vojnika, dok za ostale nije utvrđen status.

S druge strane, Županijski sud iz Osijeka tvrdi da je najmanje 21 hrvatski zarobljenik ubijen u srpskim logorima za zatvorenike.

Nije jasno kada će biti pokrenuta istraga po prijavi udruženja "Vukovar 1991", najviše zbog toga što Vojska Srbije, nasljednik bivše JNA, nema nikakve informacije o postojanju zatvora za hrvatske zarobljenike u Nišu.

Predsjednik Srbije Boris Tadić je prilikom posjete Hrvatskoj u studenom prošle godine istakao značaj rješavanja pitanja nestalih i izbjeglih osoba i ukazao da on inzistira da srpske institucije prikupljaju informacije o tome.